Базилика Санто-Ниньо является старейшей церковью римско-католической веры. К постройке здания приступили еще в 1565 году под руководством Андреса де Урданеты, который являлся монахом-августинцем. Место для строительства выбиралось совершенно не случайно. В центре Себу несколькими десятками лет ранее начала строительства испанцы нашли изображение Иисуса, которое оставил здесь Магеллан.
В 1735 году была достроена первая базилика, выполненная из дерева и глины, но уже в 1739 году постройка была заменена на новую, из камня. Особенностью здания считается эффектное сочетание нескольких стилей – мусульманского, неоклассического и романского. Внутри базилики можно посетить интересный музей, который направлен на ознакомление туристов с развитием христианства на острове Себу. В музее представлены интересные антикварные предметы, старинная мебель, одежда священников, статуэтки и прочее. Самой интересной зоной этого музея является та, где представлены многочисленные детские игрушки, которые были подарены Иисусу в младенческом возрасте. На сегодняшний день посещение Базилики развито не только среди верующих людей, но и среди туристов.