В главном городе острова Наксос, поселении Наксос, имеется авиавокзал. Международного сообщения на постоянной основе нет, но имеется почти десять чартерных направлений, которые обслуживают авиасообщение с различными странами. Постоянное сообщение является внутренним и производится местными греческими авиаперевозчиками.
С помощью авиавокзала можно добраться до различных городов Греции, в том числе до Афин и нескольких городов-курортов на юге. Всю информацию по чартерам необходимо узнавать заблаговременно. Терминалы имеют необходимое обслуживание и инфраструктурную составляющую.
Здесь есть кафе и комфортный зал для пассажиров. При желании можно воспользоваться услугами такси или рейсовым сообщением, позволяющим добраться прямо до терминала. Около самого аэропорта есть паркинг, остановка для маршрутного такси и автобуса, а также свой собственный прокат автомобиля, который можно найти в терминале, рядом с залом. Находится аэропорт немного южнее городского района, при этом до побережья всего несколько километров.