В городе Матала нет собственного аэропорта, ближайший расположен в Ираклионе.
Аэропорт Ираклиона «Никос Казандзакис» международный аэропорт является вторым по загруженности аэропортом во всей Греции. Он получил свое название от известнейшего писателя Никоса Казандзакиса. Он расположен всего в четырех километрах от города Ираклион. История данного аэропорта к сожалению, в будущем прекратится. Так как высшие органы власти Греции приняли решении о возведении современного аэропорта вблизи города Кастелли. В его строительство уже вложили более одного миллиарда евро, он также в дальнейшем будет финансироваться на концессионной основе на протяжении тридцати пяти лет. Согласно запланированным характеристикам. Новый аэропорт будет способен обслуживать более десяти миллионов человек в год. После того, как произойдет его официальное открытие, аэропорт Никос Казандзакис прекратит свое существование. В настоящее время работы по строительству еще ведутся, а сроки сдачи в эксплуатацию были перенесены дважды. Поэтому аэропорт будет еще функционировать пару лет.