Данный вокзал был возведен в 1965-х годах, как и множество железнодорожных вокзалов в этом регионе. Железнодорожное сообщение развивалось в то время бурными темпами. Так как Цхалтубо является курортным городом, то еще тогда его вокзал проектировался для большого пассажиропотока.
Двухэтажное здание вокзала удивляло многих продуманностью своего дизайна. При его относительно небольшом размере, на удивление казалось просторным. Выделялся большой холл, за которым находились кассовые отделения, а дальше залы для ожидания пассажиров. Но в результате того, что на протяжении долгого времени на вокзале не проводился капитальный ремонт он практически стал в аварийном состоянии.
Последний плановый ремонт проводился в 1990-х годах, тогда значительно поправили состояние вокзала. После окончания данных работ здание словно ожило. Его дизайн при этом не поменяли, а только улучшили настоящий. Гораздо более существенные изменения были проведены внутри вокзала. На сегодняшний день, здание вокзала закрыли, и оно находится в состоянии ожидания реконструкции. Сейчас с него можно отправиться только на пригородных поездах.