Перед тем как организовать самый старый в стране Национальный музей, в 1789 году было учреждено Чешское научное общество. В 1818 году известный палеонтолог и минералог граф Каспар фон Штернберк позаботился об открытии Отечественного музея, который сразу же пополнился его минералогической коллекцией. С 1820 года он стал руководить чешским Обществом отечественного музея, которое владело всеми коллекциями и организовывало музейную работу.
Вначале музей не имел своего здания. Монастырь Святого Якуба стал местом, где выставлялись частные коллекции, предоставленные чешскими аристократами. Затем общество арендовало Штернбергский дворец, а в 1845 году переехало в небольшой одноэтажный Ностицкий дворец вместе с коллекцией музейных ценностей.
Сейчас национальный музей является крупнейшим государственным музейным учреждением чешской столицы. Для строительства его здания был выбран стиль неоренессанс. Данное сооружение обладает высотой более 70 м. Длина фасада составляет порядка 100 м. Строительство здания велось в период 1885-1890 гг. Его проект доверили разрабатывать Йозефу Шульцу. Оно находится на Вацлавской площади.
Рампу основного фасада украшают скульптуры Богемии со стариком, олицетворяющим Эльбу, и молодой девушкой, символизирующей Влтаву. Возле музея в 1912 г. установили статую Св. Вацлаву. В основном здании можно побывать в библиотеке и музее истории и естествознания. Музеи спорта и физической культуры, музыкальных инструментов и этнографии находятся в других зданиях.
Второй этаж основного корпуса служит для размещения исторического отделения, а третий – естественно-научного. Довольно интересными являются экспонаты палеонтологической коллекции.