В XVII веке по разрешению польского короля была возведена деревянная церквушка, обозначившая место, на котором началось строительство постоянной каменной – так началась история монастыря. В последствие здесь вырос большой комплекс, состоящий из Свято-Никольского Собора и зимнего (отапливаемого) храма Онуфрия Великого.
За свою историю монастырь пережил большое количество потрясений. Переживший в XVIII веке захват шведами, чудом не сожженный, монастырь просуществовал немногим больше 100 лет. После этого стал обычным приходом и двухлетней церковной школой.
Именно в Свято-Никольском соборе на своей последней Литургии находился Николай II. Икона последнего императора находится в монастыре. К ней приделана 5-рублевая монетка – подарок императора мальчику, присутствовавшему на служении.
В 1934 году собор упразднили – там начала действовать тюрьма для пересыльных. Позже, в 1991 году на территории Собора строители-реставраторы найдут множество человеческих останков – печальные отголоски того времени.
Только в 1996 году в соборе возродилось сестринство. В настоящее время Свято-Никольский монастырь – это целый комплекс из двух церквей, колокольни и жилого помещения. Он внесен в ЮНЕСКО как сооружение в стиле барокко, обладающее наибольшей ценностью.