В конце XVIII века в Гродно появилась лютеранская община, она состояла по большей части из приглашенных из германии ремесленников, которые работали на гродненских мануфактурах. Общине было принесено в дар одно из городских кабацких зданий, которое и было переоборудовано в кирху.
Она оставалась единственным очагом лютеранства в Гродно, и в начале XIX века началась капитальная перестройка таверны в каменную церковь. К середине века строительство было закончено, и к кирхе добавился дом пастора и лютеранское кладбище, которое во времена советской власти было застроено бытовыми сооружениями, а в здании собора разместили государственный архив, в результате чего внутреннее его убранство сильно пострадало и было частично утрачено.
Пришедшая в упадок на протяжении воин XX века, гродненская лютеранская община возродилась в 1993 году, а следующий год ознаменовался передачей кирхи Святого Иоанна в лоно лютеранской церкви.
В 2013 году начаты масштабные работы по восстановлению исторического облика костела, с его 12-метровым шпилем, и внутренним интерьером. В настоящее время кирха внесена в список Государственного культурного наследия Беларуси.