В курортной пригородной зоне Агия-Пелагия нет автовокзала. Она обслуживается автостанцией города Ираклион. В курортной зоне Агиа-Пелагия имеется несколько остановок, которые имею козырьки и сиденья. Находится автобусная станция в юго-западной части города. Рядом со зданием имеется парковая зона, правительственные здания, а также такси и несколько магазинов. Южнее расположено два кафетерия.
Из города имеется ряд междугородных рейсов, а также существует несколько специальных пригородных маршрутов к курортным поселениям, в том числе и Агия-Пелагия. Причем есть специальная маршрутка, которая отвозит пассажиров к этому прибрежному курорту. В городе осуществляется сообщение городского типа, при этом в ближайшие окрестности имеется несколько рейсов, которые действуют на регулярной основе.