В 1865 году от города Подольска до Москвы проложили ветку, как часть Московско-Курской железной дороги. В этот же год на станции «Подольск» установили здание вокзала. Оно было выполнено из дерева и представляло собой избу с четырьмя окнами. Железнодорожное сообщение привело к быстрому развитию города, тем самым привело к увеличению темпов роста отраслей промышленности. В 1889 году деревянноее здание вокзала заменили на новое каменное. Проект был разработан инженером Скорняковым Е.Я.
В настоящее время через станцию «Подольск» проходит сравнительно небольшое количество пассажирских рейсов. Основной является железная дорога от Москвы через Харьков в Крым. Многие жители Подольска пользуются услугами пригородных электропоездов. Поезда дальнего следования на данной станции не обслуживаются и не имеют остановки.
В помещении вокзала к Вашим услугам: билетные кассы, камеры хранения и небольшой зал ожидания. Рядом находится автовокзал и несколько кафе.